Vacante para realizar tesina en Laboratorio de Evolución
Se ofrece proyecto para tesina de grado en el marco del Laboratorio
de Evolución – Departamento de Ecología, Genética y Evolución (EGE),
FCEyN, UBA y en Fundación para el Estudio de Especies Invasivas
(FuEDEI). Título: “Transcriptómica de especies invasoras del género Cactoblastis”.
Motivación:
Realizar
un estudio transcriptómico de dos especies de polillas del género
Cactoblastis: las plagas de la tuna (Opuntia ficus-indica) C. cactorum
y del cardón (Trichocereus atacamensis var pasacana) C. bucyrus, con el
fin de identificar los mecanismos genéticos (genes individuales y rutas
genéticas) implicados en la adquisición de la cactofilia como modo de
vida y la ulterior evolución del uso de diferentes tipos de plantas
hospedadoras.
Además, se planea incluir en el estudio a la especialista C. doddi, y una posible nueva especie (C. sp).
Este
trabajo se enmarca en un proyecto que busca comprender la evolución
genómica de estas especies a partir del estudio de sus genomas. Las hipótesis del mismo son: 1) La adquisición de la cactofilia está asociada
con
cambios genómicos a nivel de familias génicas específicas, 2) Los
saltos a nuevas plantas hospedadoras traen aparejados cambios genómicos
particulares a nivel de familias de genes particulares en las especies
que se crían en tunas (C. cactorum y C. doddi) y en cactus columnares
(C. bucyrus y C. sp) y 3) Las relaciones filogenéticas entre especies
están asociadas a los cambios de cactus hospedador.
Objetivo General
Describir
el conjunto de transcriptos (asociados a familias génicas) relevante
para diferentes estadios del ciclo de vida de polillas del género
Cactoblastis. Enfoque bioinformático
El
estudiante trabajará con datos de secuenciación masiva RNA-seq para dos
especies de pollila, deberá aprender metodologías de filtrado de datos
NGS, de ensamblado de transcriptomas y análisis de expresión
diferencial. A
su vez, deberá trabajar en un entorno Unix utilizando la terminal de
comandos y desarrollar pequeños scripts en python para procesar
archivos de secuenciación y en R para realizar análisis estadísticos. Perfil del estudiante
Estudiantes de Biología, Bioinformática, Biotecnología o afines con interés en bioinformática y biología evolutiva. Contacto
- Lic. Nicolás Nahuel Moreyra: niconm89@gmail.com ; nmoreyra@ege.fcen.uba.ar
- Dr. Esteban Hasson: ehasson@ege.fcen.uba.ar
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