Las carreras de cuarto nivel que ofrece la Facultad de Ingeniería -de acuerdo al reglamento de Posgrado de la Universidad Nacional de Entre Ríos (aprobado por Ord. C.S. N° 291/98)- se clasifican en: Especialización, Maestría y Doctorado.

La Especialización en Ingeniería Clínica tiene el objetivo de brindar a los profesionales del campo una formación amplia e interdisciplinaria, que les  permita aplicar las herramientas adecuadas para lograr una atención sanitaria de excelencia a costos razonables, mediante el empleo eficiente de la tecnología biomédica. La misma, cuenta con una evaluación final de carácter integrador.

La Maestría en Ingeniería Biomédica, en cambio, tiene un doble propósito: fortalecer la formación académica del egresado en los aspectos conceptuales, metodológicos y experimentales, en áreas específicas del campo disciplinar; y contribuir a elevar la calidad de la enseñanza, el desarrollo científico-tecnológico y la investigación de tercer y cuarto nivel. Conduce al título académico de Magíster y las actividades exigidas contemplan un mínimo de 36 créditos académicos, más 160 horas dedicadas a investigación y tutorías, y al desarrollo de una tesis de carácter individual, que deberá tratarse de un aporte científico o profesional importante para el progreso del área de concentración temática elegida.

Finalmente, el Doctorado en Ingeniería está destinado a formar graduados universitarios del más alto nivel académico en el campo del conocimiento científico- tecnológico, requiriendo la realización de aportes originales en el área elegida, en un marco de excelencia académica. La formación, que incluye la realización de una tesis de carácter individual, conduce al título académico de Doctor en Ingeniería con mención en el área de conocimiento pertinente (Ciencia y Tecnología de Alimentos, Ciencias Agropecuarias y Bioingeniería).